El australiano se impuso después del uso de la bandera roja debido a la intensidad de la lluvia. Marquez consigue un segundo puesto logrado a raíz de conseguir una mejor marca de salida una vez reanudada la carrera. Rossi cae.
Inicio complicado por la fuerte lluvia que descargaba sobre Assen. Durante los primeros minutos de la carrera, los pilotos cubrieron 14 de las 26 vueltas a las que estaba programada esta. Una buena salida para el piloto italiano Valentino Rossi, no fue lo suficiente como para que, segundos después, el corredor Yonny Hernández, se hiciera con el liderato de esta carrera durante muchas vueltas Yonny Hernández, hasta que se cayó.
Mientras que la carrera avanzaba la lluvia se fue incrementando, sin apenas causar demasiados incidentes.
Andrea Dovicioso sufría una caída mientras que en la vuelta 15, Danilo Petrucci se ponía en primera posición.
Antes de completarse la vuelta la Dirección de Carrera decidió interrumpir la carrera por distintos motivos de seguridad, mostrando la posición contraria a esta decisión de algunos de los pilotos.
Se estableció una carrera a doce vueltas, las que faltaban para completar el numero total de vueltas de la carrera de MotoGp.
Y es que nadie se esperaba lo que a continuación pasaría. Tras una gran arrancada de Márquez, el de Honda se va largo en la primera curva y es adelantado por Rossi y Dovizioso. Los tres encabezan el pelotón con Miller, Petrucci y Pol Espargaró. Pedrosa sufrió una caída intentando no perder contacto con la cabeza de carrera. También Crutchlow se cayó. Petrucci sufre una avería y Dovizioso se cae, y en la tercera es Rossi quien se va al suelo, al igual que Smith. Eso dejó a Márquez en cabeza en la tercera vuelta, con Miller a rueda.
Miller se hizo con su primera victoria en Gran Premio de MotoGP. Márquez aseguró la segunda plaza, mientras que Redding batía a Pol Espargaró haciéndose con su segundo podio en la categoría reina. Iannone, que se había caído en la primera carrera, logró ser quinto en la segunda superando a Barberá. Viñales fue noveno y Lorenzo décimo, Rabat undécimo y Pedrosa 12º tras levantarse.